马尔堡大学成立于1527年，创办者是当时年仅23岁的黑森-卡塞尔伯爵菲利普一世。7月1日开课时，学校共有11名教授和84名学生，以市内修道院的旧址为校舍。其后300年间，马尔堡大学历经各种变化，学生数一直在30人到300人之间波动。1866年普奥战争后，黑森被普鲁士兼并，之后的20年内，马尔堡大学学生数增长了四倍，校区规模也得到扩大。1887年注册学生数超过1000人，1909年突破2000人，第一次世界大战结束后已达3000人。1960年之后，马尔堡大学迎来又一个快速发展时期，师生数量均大幅增长，许多新的建筑也在这一时期建成。
