2005年，波士顿大学钱卓教授和华东师大林龙年博士合作，首次破译了大脑记忆密码。

2004年，波士顿大学设立了“熊晓鸽新闻终身成就奖”，这是中国留学生在美国主流大学以个人名义设立的第一个专业大奖。该奖的设立人熊晓鸽曾于20世纪80年代在波士顿大学新闻传播学院学习，现为美国国际数据集团全球高级副总裁。

2009年5月18日，中国导演张艺谋获美国波士顿大学颁授人文艺术荣誉博士学位，校方说，授予张艺谋人文艺术荣誉博士学位，主要是表扬这位中国导演在电影及其他艺术上“为世界文化的传承与绵延、丰富与繁荣做出了不容忽视且难以磨灭的贡献”。

2016年5月6日，波士顿大学时任校长Robert Brown与清华大学校长邱勇先生签署了系统工程专业双学位项目合作协议。新的双学位项目允许清华大学系统工程专业的本科毕业生在波士顿大学工程学院继续深造，攻读硕士学位。